Le service de santé a notamment pour mission de :

• exécuter les orientations du C/FDNB en matière sanitaire ;
• élaborer les directives de l’EMG  en matière sanitaire ;
• assurer le soutien médical à la FDNB ;
• coordonner les formations sanitaires militaires;
• participer au maintien de la santé publique ;
• fournir l’expertise médicale du personnel de la FDNB ;
• collaborer avec les autres partenaires de santé tant nationaux qu’internationaux ;
• participer à la formation du personnel médical ;
• prévenir les maladies mentales et la transmission du VIH/SIDA au sein de la FDNB ;
• assurer la prise en charge psychosociale des militaires et leurs familles ;
• établir les besoins en médicaments et en matériels médico-chirurgicaux ;
• assurer la gestion des produits pharmaceutiques et des matériels médico-chirurgicaux ; 
• assurer la valorisation des soins médicaux, des produits pharmaceutiques et des matériels médico-chirurgicaux ;
• assurer la valorisation des soins médicaux, des produits pharmaceutiques et des matériels médico-chirurgicaux.